Det finns en hel del institutioner för högre utbildning i hela Kirgizistan. Detta omfattar cirka trettiosju offentliga universitet och arton privata universitet. Framstående universitet i Kirgizistan inkluderar University of Centralasien och Kirgizistan National University.

En masterexamen utfärdas när studenten har slutfört ett studieprogram på masternivå. För att ta en masterexamen måste man vanligtvis ta 12 till 18 kurser på högskolenivå, samt skriva en uppsats.